Historia toru zaczyna się w połowie lat 60. Projekt czterokilometrowego toru Fuji Speedway, jak sama nazwa wskazuje, tworzony był jako owal wzorowany na amerykańskich obiektach. W międzyczasie zabrakło jednak pieniędzy, i ostatecznie został zbudowany tylko jeden z nachylonych zakrętów. Został więc przerobiony na częściowo drogowy tor i otworzony w grudniu 1965. Szybko okazało się, że łuk jest niebezpieczny bo często dochodziło tu do niebezpiecznych wypadków. Została więc dołożona nowa część, która wydłużyła pętlę do 4,359 km.

Speedway po raz pierwszy gościł Formułę 1 w 1976 roku. Tor był świadkiem dramatycznej walki o tytuł mistrza świata pomiędzy Jamesem Huntem a Nikim Laudą. Ze względu na fatalne warunki (porównywalne z kwalifikacjami w 2007) Lauda zdecydował się wycofać z wyścigu na własną rękę, co było powodem późniejszego konfliktu z Enzo Ferrarim. Wyścig wygrał Mario Andretti, ale Hunt zdobył wystarczającą ilość punktów, by wygrać.

Po wyścigu w 1977 nie było już żadnej fety – Villenueve wypadając z toru zabił dwie osoby, po czym FIA zdecydowała się wycofać Fuji z kalendarza F1. Kiedy GP Japonii powróciło po dekadzie, odbyło się już na Suzuce. Fuji pozostał jednak popularnym obiektem. Prędkości pozostawały wysokie, dodano więc dwie szykany – jedna w połowie drogi między pierwszym a dotychczas drugim zakrętem, a druga przed wejściem do długiego, bardzo szybkiego zakrętu 300R. Za nim rozciąga się jedna z najdłuższych prostych w świecie motorsportu – ma półtora kilometra. W latach 80. zaczęto ją wykorzystywać do wyścigów dragsterów.

Tor nadal był wykorzystywany w seriach regionalnych, były nawet plany wprowadzenia tu CART w 1991, ale pomysł upadł. Na przełom trzeba było czekać do roku 2000, kiedy obiekt wykupiła Toyota, która widziała w tym etap w rozwoju motorsportu. Koncern miał apetyt na odebranie goszczenia wyścigów F1 Hondzie (właściciela toru Suzuka) i w 2003 zatrudnili Hermana Tilke do przeprofilowania toru. Niemiec przemodelował praktycznie całą drugą połowę toru, uciśniając niektóre zakręty, przebudowując szykanę Dunlopa i włączając zupełnie nową sekcję Netz.